Die einleitende Filmsequenz beschreibt die jahrhundertelange Suche des Templerordens nach dem sagenumwobenen Apfel von Eden, welcher die Saat des ersten menschlichen Ungehorsams und des freien Willens enthält. Im Jahr 1492 steht ihrer Suche in Andalusien die Bruderschaft der Assassinen im Weg, welche das Sultanat Granada vor der Übernahme durch die Templer schützen will. Einer dieser Assassinen ist Aguilar de Nerha.
Im Jahr 1986 widerfährt Callum Lynch als kleiner Junge das Schicksal…