Ein in Berlin gestartetes Flugzeug landet am John F. Kennedy International Airport in New York City und alarmiert die Crew im Tower, da es mit abgeschalteten Scheinwerfern, Signalen und verriegelten Türen liegen bleibt. Es scheint so, als gäbe es keine Lebenszeichen innerhalb des Flugzeugs. Der Epidemiologe Dr. Ephraim Goodweather (Corey Stoll) und sein Team werden gerufen, um das Flugzeug zu untersuchen – sie finden 206 Leichen und vier Überlebende…