Der Secret-Service-Agent Ethan Burke untersucht das Verschwinden zweier Kollegen und erwacht nach einem scheinbaren Autounfall im Krankenhaus der mysteriösen Kleinstadt Wayward Pines im Bundesstaat Idaho, kann aber weder seinen Vorgesetzten beim Secret Service noch seine Familie erreichen oder die Kleinstadt verlassen. Er findet die verschwundenen Agenten, einen davon tot, den anderen – seine ehemalige Geliebte – lebend und mittlerweile mit einem örtlichen Handwerker verheiratet. Die Einwohner der Gemeinde können die von einem Zaun umgebene Kleinstadt nicht verlassen und die Gemeinschaft unterliegt festen Regeln, die vom undurchsichtigen Sheriff Pope durchgesetzt werden. Bei mehrfachen Verstößen gegen die Regeln droht die Abrechnung, eine öffentliche Hinrichtung durch den Sheriff.
